菏泽站第一代候车室，1977年12月新兖铁路开工，1980年初建成通车，开通初期，旅客列车少，大部分时间广场都是空荡荡的，车站广场成了附近村民的凉晒场。（资料照片，翻拍于菏泽市图书馆，原作者不祥） 

1996年9月1日，京九铁路开通,菏泽站举行了隆重的开通仪式。京九与新兖在菏泽交汇，菏泽区域枢纽凸显。（照片由宿燕提供）

随着京九铁路的开通，第一代候车已不能满足人们的出行需求，第二代候车室于2004年建成投入使用，由于设计起点不高，后续配套设施也不完善，投入使用后就满足不了人们的出行需求。

2011年菏泽站春运，由于候车室面积小，高峰时段需要提前拉出部分旅客在站台候车，以缓解候车室压力。

2013年年初，在千呼万唤中菏泽站迎来了第三提升改造，为了不影响人们出行，站改采取了边施工边运营的方式。

2014年7月菏泽站第三代候车室建成并投入使用新候车室宏伟大气，总面积15000平方米，功能设施先进，方便了菏泽人民的出行。

2020年国庆小长假返程的旅客，电子客票已全面到来，旅客刷身份证就可以进站上车。

随着生活进入快节奏，普速铁路已经满足不了人们的出行需求，2018年12月10日，鲁南高铁曲阜至菏泽段在菏泽高铁站打下了第一根桩，菏泽的高铁建设拉开序幕。

2019年6月11日，鲁南高铁曲阜至菏泽段架设起第一榀箱梁，高铁建设步入快车道。

2020年10月建设中的菏泽高铁站。

2021年3月15日，鲁南高铁曲阜至菏泽段开始铺轨，鲁西南人民的高铁梦不再遥远。

2021年5月，菏泽高铁站进入钢结构吊装阶段，菏泽高铁站雏形已现。